Malawisjön, som är världens tionde största sjö, med ett djup på över 700 meter i norr, sträcker sig cirka 500 km längs Malawis östra gräns. Malawisjön kan nog påstås vara landets huvudattraktion. Många besökare fastnar vid sjöns kust, utan att ens besöka inlandets rullande landskap av höga kullar och slätter. Den södra delen av sjön har spektakulära vyer över gröna kullar som stupar rakt ner i djupt kristallklart vatten, uråldriga klippor som under århundraden slipats av vågorna till rundsläta formationer, bortglömda sandvikar och orörda sträckor av ändlösa vita stränder. Det är inte svårt att förstå varför David Livingstone hade så höga tankar om vad han beskrev som "the lake of stars".

Vattnet i sjön är varmt (22-28 grader), klart (med en sikt på 4-30 meter) och dykningen och snorklingen är utmärkt, så bra att sjön blivit en klar kandidat som plats för den bästa sjö- eller sötvattensdykningen i världen. Nya arter av fisk upptäcks i Malawisjön varje år. Mer än 600 arter har redan blivit identifierade, varav de flesta tillför släktet chiclider - och 99% av dessa chiclider är endemiska för Malawisjön. Några av sjöns fiskar är goda till middag, men sjön har mest blivit känd för sina små, färgglada chiclider, så kallade mbuna eller "rock dwelling fish", som exporteras till akvarier runt hela jorden.